Заповедник возглавляется директором, назначаемым на должность и освобождаемым от должности Министерством природных ресурсов и экологии Российской федерации
Директор осуществляет непосредственное руководство заповедником и несёт персональную ответственность за его деятельность. В компетенции директора находится решение всех вопросов по руководству заповедником, которые не составляют компетенцию других органов управления, определённых законодательством Российской Федерации.
Отделы, обеспечивающие выполнение основных задач:
- Научный отдел, возглавляется заместителем директора по науке.
- отдел охраны заповедной территории, возглавляется заместителем директора по охране заповедной территории (начальник отдела охраны)
- Отдел экологического просвещения и туризма, возглавляется заместителем директора по экологическому просвещению и познавательному туризму
- Отдел бухгалтерского учета и отчетности, отдел материально-технического снабжения, возглавляется заместителем директора по экономике и финансам(главный бухгалтер)