Научный отдел заповедника состоит из заместителя директора по науке, кандидата биологических наук, ведущего научного сотрудника, доктора биологических наук и научного сотрудника, работающего на половину ставки. Исследования, проводимые штатными сотрудниками отдела, выполняются в рамках программы «Летопись природы».
Тема: ЛЕТОПИСЬ ПРИРОДЫ. «Слежение за ходом естественных процессов в степных экосистемах заповедника «Ростовский».
В рамках этой темы ведутся следующие разделы:
Фауна и животное население
Раздел 1: Сезонные и непериодические явления в жизнедеятельности птиц заповедника, его охранной зоны, сопредельных территорий и заказника федерального значения «Цимлянский»
Раздел 2: Инвентаризация фауны птиц заповедника, его охранной зоны, сопредельных территорий и заказника федерального значения «Цимлянский».
Раздел 3. Состояние популяции и динамика численности ушастого ежа на территории заповедника, его охранной зоны и сопредельных территориях.
Исполнитель: заместитель директора по науке, к.б.н. Липкович А.Д.
Раздел 4. Сезонные явления в жизнедеятельности вольно живущих лошадей на острове Водном.
Раздел 5. Сезонные явления в жизнедеятельности средних млекопитающих (лисица, корсак, барсук, заяц-русак) и волка в заповеднике и на сопредельных территориях.
Раздел 6. Сезонные явления в жизнедеятельности мелких хищников из семейства куньих (перевязка, ласка, степной хорь, каменная куница) в заповеднике и на сопредельных территориях.
Раздел 7. Трофическое взаимодействие группировок обыкновенной лисицы и общественной полевки на территории заповедника и его охранной зоны.
Исполнитель: ведущий научный сотрудник, д.б.н. Казьмин В.Д.
Флора и растительность
Раздел 7. Надземная растительная масса степных растительных сообществ (растительные кормовые ресурсы) острова Водного в весенне-летний и осенний периоды.
Исполнитель: ведущий научный сотрудник, д.б.н. Казьмин В.Д.
Календарь природы.
Раздел 8. Феноклиматическая периодизация года.
Исполнитель: научный сотрудник Вакурова М.Ф.
По разделам 1;2 основное внимание уделяется видам, внесенным в Красные книги Российской федерации (РФ) и Ростовской области (РО).
Раздел 3 принят к исполнению в связи с выявленным резким сокращением численности ушастого ежа, вида, внесенного в Красную книгу РО.
Раздел 4 выполняется в связи с необходимостью мониторинга состояния группировки вольно живущих лошадей, населяющей самый большой участок заповедника - «Островной». Контроль численности лошадей особенно важен для поддержания оптимального состояния степной пастбищной экосистемы и предотвращения превышения емкости угодий, способной повлечь негативные последствия.
Раздел 5 выполняется по необходимости иметь сведения о численности и состоянии популяций млекопитающих «среднего размера», а также волка и шакала, хищническая деятельность которых на землях, сопредельных с заповедником, наносит ущерб животноводству и вызывает определенную социальную напряженность.
Раздел 6 по сути является продолжением раздела 5. Хищники семейства куньих являются преимущественно миофагами, и важным звеном в трофической цепи. Южнорусская перевязка внесена в Красные книги РФ и РО и является очень редким видом, сведения о котором на Юге России крайне фрагментарны и недостаточны.
Раздел 7 выполняется по необходимости контроля за состоянием кормовой базы вольно живущих лошадей и прогноза условий зимовки табуна.
Раздел 8 является необходимой составной частью мониторинга состояния природных экосистем заповедника.
Помимо штатных сотрудников, в заповеднике выполняют исследования специалисты сторонних научных учреждений по договорам о научном сотрудничестве. Все материалы, получаемые в ходе полевых исследований, включаются в ежегодно оформляемый том «Летописи природы» заповедника.